Theo Luật Cơ bản và văn bản hiến pháp của Hồng Kông, chính quyền địa phương Hồng Kông nắm giữ chủ quyền lãnh thổ ngoại trừ lĩnh vực quốc phòng và ngoại giao. Chỉ có Trưởng Đặc khu, người đứng đầu lãnh thổ và là người đứng đầu nhánh hành pháp là được bầu chọn bởi Ủy ban Bầu cử Trưởng Đặc khu bao gồm 800 thành viên, tất cả các thành viên trong Ủy ban này đều do chính quyền Đại lục bổ nhiệm. Các viên chức khác của chính quyền, bao gồm các thành viên của các cơ quan hành pháp và lập pháp đều hoặc là được Trưởng Đặc khu bổ nhiệm (trực tiếp hay ủy nhiệm) hoặc được cử tri bầu ra. Trên lý thuyết, việc quy định này đảm bảo Hồng Kông được quản lý hầu như độc lập khỏi Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa và có thể gìn giữ được hạ tầng cơ sở kinh tế, pháp luật, văn hóa độc nhất của mình. Tuy nhiên trên thực tế, một số ý kiến đã tố cáo Bắc Kinh can thiệp vào công việc nội bộ của Hồng Kông quá mức quy định của Luật Cơ bản.

Các luật của Hồng Kông chỉ có hiệu lực khi được Trưởng Đặc khu Hành chính phê chuẩn và sự đồng thuận đa số của 60 đại biểu của Hội đồng Lập pháp Hồng Kông, hay LegCo. Chỉ có một nửa số ghế của Hội đồng lập pháp được người dân Hồng Kông bầu trực tiếp thông qua phổ thông đầu phiếu trong khi nửa còn lại được bầu chọn thông qua công năng giới biệt (tiếng Anh: functional constituencies) bao gồm các nghiệp đoàn và các nhóm lợi ích đặc biệt có liên hệ mật thiết với chính quyền Bắc Kinh. Luật Cơ bản Hồng Kông hứa hẹn rằng tất cả các ghế trong Hội đồng lập pháp cuối cùng sẽ được bầu thông qua phổ thông đầu phiếu, tuy vậy cho đến nay điều này vẫn chưa được thực hiện.

Tăng Âm Quyền giữ chức Trưởng Đặc khu sau khi ông được bầu cử ngày 16 tháng 6 năm 2005 bởi một ủy ban bầu cử được bổ nhiệm bởi chính quyền Bắc Kinh.[67] Trước cuộc chuyển giao năm 1997, Tăng Âm Quyền đã giữ chức Trưởng Ty Hành chính dưới thời người Anh quản lý. Ông đã nhậm chức ngày 24 tháng 6 và theo kế hoạch sẽ kết thúc phần còn lại của nhiệm kì cuối của Đổng Kiến Hoa kết thúc vào ngày 30 tháng 6 năm 2007 phù hợp với Phụ lục I và Điều 46 ban hành bởi Uỷ ban Thường vụ Hội nghị Hiệp thương Nhân dân Trung Hoa.

Việc Hội đồng Bầu cử 852 thành viên bầu chọn một Trưởng Đặc khu mới diễn ra vào ngày 10 tháng 7 năm 2005. Ngày 16 tháng 6 năm 2005, Tăng Âm Quyền được tuyên bố là người giành chiến thắng vì ông là ứng cử viên duy nhất đảm bảo nhận được 100 phiếu của Hội đồng Bầu cử. Đổng Kiến Hoa, Trưởng Đặc khu đầu tiên nhậm chức ngày 1 tháng 7 năm 1997 sau một cuộc bầu cử Bởi một Hội đồng Bầu cử 400 thành viên. Đối với nhiệm kì thứ hai kéo dài 5 năm bắt đầu từ tháng 6 năm 2002, Đổng là ứng cử viên duy nhất được giới thiệu do đó là người đắc cử. Lâm Trịnh Nguyệt Nga là đặc khu trưởng hiện nay, được bầu lên vào năm 2017.

Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa đã lập nên một Hội đồng Lập pháp Lâm thời (PLC) năm 1996 ngay trước ngày chuyển giao, khi Hội đồng này đã chuyển đến Hồng Kông và họp sau cuộc chuyển giao. Hội đồng này đã xem xét lại một số luật được Hội đồng Lập pháp thông qua bằng phổ thông đầu phiếu từ năm 1995. PLC đã thông qua một số luật mới như Sắc lệnh Trật tự công cộng,[68] yêu cầu sự cho phép của cảnh sát khi tổ chức một cuộc biểu tình có số người tham gia vượt quá 30 người. Cuộc bầu cử Hội đồng Lập pháp được tổ chức vào ngày 24 tháng 5 năm 1998, ngày 10 tháng 9 năm 2000 và tiếp theo là ngày 12 tháng 9 năm 2004, với cuộc bầu cử tiếp theo diễn ra vào năm 2008. Theo Luật Cơ bản, "hiến pháp-mini" của Hồng kông, nhiệm kì thứ ba hiện tại của Hội đồng Lập pháp có 25 ghế được bầu cử theo đơn vị bầu cử địa phương (geographical constituencies) và 30 ghế từ công năng giới biệt. Các cuộc bầu cử Hội đồng Lập pháp năm 1998, 2000 và 2004 đã diễn ra tự do, mở và tranh luận rộng rãi dù có một số bất mãn của một số nhà chính trị chủ yếu là 'ủng hộ dân chủ', những người tranh luận rằng các cuộc bầu cử công năng giới biệt năm 1998 và 2000 là không dân chủ vì họ cho rằng khu vực cử tri cho những ghế này là quá hẹp. Đảng Cộng sản không có một sự hiện diện chính trị chính thức tại Hồng Kông và các thành viên của Đảng không đứng ra ứng cử trong các cuộc bầu cử địa phương [69].

Ngành dân chính của Hồng Kông vẫn mong duy trì chất lượng và tính trung lập như truyền thống trong thời thuộc địa, hoạt động mà không có chỉ đạo rõ rệt từ Bắc Kinh. Nhiều hoạt động của chính quyền và hành chính thực hiện ở khu vực trung tâm của Đảo Hồng Kông gần địa điểm lịch sử của Thành phố Victoria, khu vực của những khu định cư Anh đầu tiên. Công dân Trung Quốc thường trú tại Trung Quốc đại lục không có quyền cư trú tại Hồng Kông, và phải chịu sự kiểm soát nhập cư.[70] Tài chính công được chính phủ Hồng Kông xử lý một cách độc lập, và các loại thuế thu tại Hồng Kông không đóng góp cho ngân sách của Trung ương [71][72].

Đã có những cuộc biểu tình của người dân Hồng Kông chống lại những sự can thiệp sâu rộng của Trung Quốc vào chính trị Hồng Kông như phong trào Chiếm lĩnh Trung Hoàn, Biểu tình tại Hồng Kông năm 2014 và Biểu tình chống dự luật dẫn độ năm 2019.